Samsunspor Kulübünün, profesyonelliğe başvurduğu 30 Haziran 1965 olarak kabul edilmektedir. Kulübün başvurusu Beden Terbiyesi Umum Müdürlüğü'nce 19 Temmuz 1965 tarihinde onaylanmıştır. Bu dönemde Samsunspor Kulübü'nün başında Kadri Ersan vardı. Kadri Ersan'ın Samsunspor Futbol Kulübü'nün ilk başkanı olarak kabul edebiliriz. Ersan'ın ardından kulüp başkanlığı sonrasında başkanlık koltuğu 25 kez değişti. Mevcut başkan İsmail Uyanık, Samsunspor Kulübü'nün yeni adı ile Yılport Samsunspor'un 26. başkanı oldu.
Kulüp tarihinde, Bülent Semizoğlu, Hakkı Tomaç ve İ. Erkurt Tutu iki kez başkanlık koltuğuna otururken, İsmail Uyanık ise Kırmızı-Beyazlı kulübün başkanlık koltuğuna üçüncü kez 2 Haziran 2018 tarihinde oturmuştur. Samsunspor'un efsane başkanı olarak gösterilen İsmail Uyanık'ın yanı sıra, Hasbi Menteşoğlu'da efsane başkanlar kategorisinde sayılabilir. Kendisi ile ilgili hikayeler var ancak Samsunspor'un altın çağlarını yaşamıştır. Yaklaşık 5 yıllık görev süresinde önemli transferlere imza atmıştır. İşte Samsunspor'ûn kuruluşundan bu güne kadar görev yapan başkanları:
Kadri ERSAN (06.07.1965 - 27.02.1968), Yılmaz ULUSOY (28.02.1968 - 31.05.1971), Nuzhed ULUSOY (01.06.1971 - 13.03.1972), Bülent SEMİZOĞLU (14.03.1972 - 28.06.1973), Fevzi TOMBULOĞLU (29.06.1973 - 20.01.1974), Bülent SEMİZOĞLU (21.01.1974 - 01.04.1974), Fehmi SAĞLAMER (02.04.1974 - 05.06.1979), Ender CENGİZ (06.06.1979 - 25.02.1982), Hüseyin ALTUNCU (26.02.1982 - 19.02.1984), Hasbi MENTEŞOĞLU (20.02.1984 - 23.04.1989), Hakkı TOMAÇ (24.04.1989 - 16.06.1991), Aslan ÇINAR (17.06.1991 - 31.05.1992), İsmail UYANIK (01.06.1992 - 20.01.2001), Yusuf Ziya YILMAZ (21.01.2001 - 25.06.2002), İsmail UYANIK (26.06.2002 - 20.06.2005), Adnan ÖLMEZ (26.07.2005 - 01.07.2006), Mazhar BAŞOĞLU (01.07.2006 - 13.08.2007), Sezgin GÜMÜŞ (13.08.2007 - 12.07.2008), Fuat KÖKTAŞ (12.07.2008 - 14.03.2009), Hakkı TOMAÇ (14.03.2009 - 30.07.2010), İ. Erkurt TUTU (30.07.2010 - 20.06.2011), Kazım Gürol YILMAZ (04.06.2011 - 21.07.2012), Emin KAR (21.07.2012 - 27.12.2014), İ. Erkurt TUTU (27.12.2014 - 29.12.2017), Ahmet Karayılmaz (10.02.2018 - 02.06.2018) İsmail UYANIK (02.06.2018 - Göreve Devam Ediyor)